В 1722 году усилиями епископа Епифания (Тихорского) в Белгороде была учреждена духовная школа. Это дало повод появлению Харьковского коллегиума в 1726 году, ставшего по мнению современников, «одним  из самых лучших богословских учебных учреждений  XVIII  века».

В середине XVIII века епископ Петр (Смелич) открыл небольшие славяно-латинские школы в Белгороде, Курске и Старом Осколе.Управлявший епархией с 1774 г. по 1786 г. епископ Аггей (Колосовский)  преобразовал Белгородскую славяно-латинскую школу в "малую семинарию",  которая, как и прежняя славяно-латинская школа, располагалась в кельях Николаевского монастыря,  основанного в Белгороде в конце XVI в. согласно указу Бориса Годунова.

Белгородская духовная семинария  была открыта в 1787 году. Назначенный на Белгородскую кафедру в начале 1787 года епископ Белоградский и Курский Феоктист (Мочульский) ввел в учебный план малой семинарии в Белгороде предметы полных семинарий и коллегиумов (1788г.).

      Первым ректором Белгородской семинарии был игумен Белгородского Никольского монастыря Иустин. В это время создаётся семинарская библиотека с фондом до десяти тысяч книг. Библиотека имела три отдела: фундаментальный, отделы книг для продажи и для безвозмездного пользования.
   

Первоначально при Белгородской семинарии действовало три двухгодичных отделения: 1) риторики; 2) философии; 3) богословия. И с 1790 года в ней был уже полный курс наук семинарской программы того времени.

Преосвященный Феоктист построил для Белгородской семинарии в 1801г. в Белгороде двухэтажный каменный корпус  напротив Свято-Троицкого кафедрального собора. Благодаря заботам архипастыря Феоктиста, управлявшего епархией с 1787 по 1818 г., семинария во многом превзошла Харьковский Коллегиум.За свою духовную и учительную деятельность архиепископ Феоктист был избран почетным членом Российской Академии наук Императорского  Харьковского университета и был награжден орденом Св.Анны 1 степени и орденом Св.князя Александра Невского.

К концу XVIII века, когда Курско-Белгородская епархия окончательно оформилась в своих границах, Белгородская семинария стала центральным духовным учебным заведением епархии и стала именоваться Курской (хотя и находилась в Белгороде). В период пребывания владыки Феоктиста на кафедре в Белгородской семинарии сменилось несколько ректоров. Первым ректором семинарии стал игумен Белгородского Николаевского монастыря Иустин. Одним из выдающихся выпускников этого периода истории семинарии в Белгороде был Яков Попов, в последствие архиепископ Рязанский и Зарайский Иринарх.

      За 14 лет (с 1791 по 1805 гг.) из Курско-Белгородской епархии вышло более 1000 выпускников разных классов. Они становились священнослужителями, поступали в медицинскую науку, в военную, статскую службу. При основании Харьковского университета в него сразу поступило 20 человек семинаристов".

        Сохранилось два аттестата и свидетельство (подлинники), позволяющие  судить об уровне образования в Белгородской семинарии в конце XVIII в. - начале XIX в.
        Это аттестат на имя семинариста - студента философии Григория Космодамианского, который  «с 1796 года обучался в означенной семинарии Латинским и Греческим языкам, Грамматике, Синтаксису, Церковному Уставу, Нотному Ирмолойному Пению, Поэзии, Логике, Географии, Арифметике, Риторике, Истории, физике и два года философии с похвальными успехами, при чём и благонравие рачительно наблюдах, в простом книгочтении и чтении церковных поучений исправен, от роду ему 22 года».
  Второй аттестат гласит: «студент богословия Лаврентий Вышневский, с 1804 года находясь в означенной семинарии обучался Латинскому, Греческому и Немецкому языкам, Грамматике, Поэзии, Логике, Географии, Партесному пению, Арифметике, Геометрии, Алгебре, Риторике, Всемирной и Естественной Истории, физике, философии, Пасхалии, Герменевтике и богословии с окончанием богословеннаго курса с успехами превосходными при люботщательном наблюдении во всю бытность при семинарии скромного и во всём добропорядочного поведения; притом порученную ему сениорскую должность в казённом доме исправлял с ревностию; в простом он книгочтении, чтении Церковных поучений и пении исправен, к сочинению и сказыванию проповедей способен, от роду ему 23 года».

   География воспитанников Белгородской семинарии  охватывала селения Курской губернии: «епаршеский» город Белгород  и  округа Курской губернии: Белгородский, Курский, Корочанский, Обоянский, Дмитриевосванский, Рыльский, Щигровский, Старого Оскола, Льговский, Новооскольский, Тимский, Фатежский, Путивльсквий;  а также округа Харьковской Слободской губернии: Волчанский, Богодуховский, Миропольский, Краснокутский, Хотмыжский и Ахтырский.
       

     В период с 1787г. по 1867гг. семинарией управляло 13 ректоров.  

В семинарии в начале XIX века обучался Николай Иванович Савченко, сын ректора семинарии протоиерея Иоанна Савченко, будущий архиепископ Черниговский и Неженский Нафанаил. Также необходимо назвать таких студентов, как, например, А.А.Ильинский, будущий архиепископ Тверской и Кашинский Евсевий, Ф.А.Праведников, в будущем епископ Новгород-Северский Феофилакт.

Выдающимся выпускником Белгородской семинарии в эти годы был Михаил Петрович Булгаков, будущий митрополит Московский Макарий, великий богослов и церковный историк, автор монументального труда «История Русской Церкви». Он был, пожалуй, самым выдающимся студентом семинарии за всю историю ее существования. Существенное влияние на становление митрополита Макария, как церковного ученого, оказала именно семинария в Белгороде.

            Учащиеся бывшего Курского, с этого момента Белгородского училища, остались в городе Белгороде, в здании бывшей семинарии.  Курская духовная семинария согласно действующему Уставу 1884 года значилась учебно-воспитательным заведением для приготовления юношества к служению Православной Церкви, т.е. для подготовки священнослужителей. В Уставе же 1814 года ставилась цель  дать образование молодёжи из духовного сословия.     Согласно действовавшему перед революцией Уставу 1884 г., епархиальный архиерей имел высшее наблюдение за направлением преподавания, воспитанием учащихся и вообще за исполнением в семинарии сего Устава. Ректор и инспектор назначались Святейшим Синодом. Права и состав правления в сравнении с Уставом 1867 года были ограничены. Было увеличено число часов на изучение богословских предметов. Добавились новые предметы: библейская история, история русского раскола, апологетика, сравнительное богословие и тригонометрия. За счет математики, философии и древних языков было увеличено число уроков русской словесности. Обзор философских учений и педагогика заменены основами и краткой историей философии и дидактикой. Общеобразовательным стало церковное пение. Появилась должность духовника для религиозно-нравственного воспитания учащихся.

             В 1906 году на базе Белгородского духовного училища епископом Питиримом (Окновым) было открыто отделение Курской духовной семинарии в составе четырех общеобразовательных классов (до 200 чел.) в здании Николаевского монастыря. Оно действовало до октябрьского переворота 1917 г.

            В 1990 г. вновь возрождающаяся Курская духовная семинария после длительного перерыва, благодаря усилиям митрополита Курского Ювеналия (Тарасова) впервые открыла свои двери и приняла своих немногочисленных питомцев. Сначала это было духовное училище, т.е. среднее духовное учебное заведение с двумя отделениями: пастырским – с трёхгодичной программой обучения и регентским – с двухгодичной программой обучения. Первым ректором Курского духовного училища был назначен игумен Иоанн (Попов). Через год, 25 декабря 1991г., Курское духовное училище Постановлением Священного Синода и Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II было преобразовано в Курскую духовную семинарию с четырёхлетним обучением, что дало возможность в предстоящем учебном году увеличить контингент воспитанников и воспитанниц, а также открыть реставрационную мастерскую; вскоре в семинарии открылось иконописное отделение.