В свой проповеди Владыка сравнил служение Патриарха Алексия II со служением святителя Тихона (Белавина): «И сегодня, вспоминая его кончину, я посмотрел последнюю проповедь, сказанную четвёртого декабря, на праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы, у мощей святителя Тихона, где Патриарх Алексий II рассуждал о том трудном времени, когда жил святитель Тихон. И как он достойно нёс все те поношения, провокации, которые обрушивались на церковь, принимая все это на себя. И его слова поразительно, как зеркало, отразили его личный подвиг, как Первосвятителя. И памятная речь о Патриархе Тихоне, который был возведён в сан патриарха как раз 4 декабря, на праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы, она сейчас звучит как некая лестница в Небо. И Патриарх Алексий II чувствовал, что ступени этой лестницы проложил Святейший Патриарх Тихон Исповедник».

В сообщении приводятся «Воспоминания митрополита Иоанна о Святейшем Патриархе Алексии II из книги «Каждому сердцу до края земли»: «Монашеский постриг послушник Сергий принял 30 марта 1990 года с наречением имени Иоанн в честь святителя Иоанна, митрополита Тобольского и всея Сибири чудотворца. А до принятия монашества он закончил Духовную семинарию в северной столице России, поступил там же в Духовную академию. Во время его учебы в городе на Неве митрополитом был Алексий, будущий Святейший Патриарх.

– Высшую богословскую премудрость ты постигал в Духовных школах Санкт-Петербурга во времена, когда Господь привел мне быть епископом этого града. В те годы Церкви только возвращалось присущее ей в прошлом право на заботу о больных, одиноких, престарелых. В этих делах милосердия мы нашли в тебе усердного помощника и полезного сопутника в нашей поездке в Сиэтл для изучения церковного опыта социального служения в Соединенных Штатах Америки. И в дальнейшем я с любовью благословлял тебя на труд несения разных церковных послушаний, – констатировал Алексий II, Патриарх Московский и всея Руси.

В декабре 1989 года этот иерарх Русской Православной Церкви благословил академиста вернуться в Курско-Белгородскую епархию, чтобы помогать возрождать там духовную жизнь.

1990 год – год важных событий. 30 марта – постриг в монашество. 4 апреля – рукоположение в сан иеродиакона. 7 апреля, в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы, – в сан иеромонаха. В июне этого года возведен в сан игумена и назначен ректором возрождающегося Курского Духовного училища.

– После празднования тысячелетия Крещения Руси, после июля 1988 года, в нашей стране начались удивительные процессы. Внешняя канва – это когда меняется система, меняется Конституция, меняется идеология. Это было внешнее, а вот внутреннее – это непреодолимая тяга людей к Богу. Это решение, которое не было продиктовано властями, а было внутренней потребностью тысяч людей, оно и положило начало возрождению Церкви. И нужно было не только крестить людей, а помочь еще и освоить богатство православной веры, передать опыт Богообщения. Это одна из сложнейших задач, потому что опыт передается через личные отношения. Он не может возникнуть на пустом месте без колоссального труда.

4 апреля 1993 года в Богоявленском соборе Москвы архимандрит Иоанн (Попов) был хиротонисан во епископа Белгородского. Архиерейскую хиротонию его возглавил Святейший Патриарх Алексий II. Первоиерарху сослужили тринадцать архиереев. По окончании торжественного богослужения Предстоятель Русской Православной Церкви сказал: «Преосвященный епископ Иоанн, возлюбленный о Христе Спаси­теле собрат и сослужитель!

Божественная воля через освящающую благодать Всесвятого Духа соделала тебя ныне епископом Церкви Божией к совершению святых, на дело служения, для созидания Тела Христова (Еф. 4, 12). Приветствуем тебя в этом новом, высоком служении твоем Церкви Божией и веруем, что ради молитв наших и предстоящих здесь людей Божиих будет дана тебе от Господа сила к самоотверженному несению подвига епископского для спасения твоего и вверенных тебе, как архипастырю, душ христианских. Эта сила – та же, какая дарована была некогда святым апостолам. Не в славе мирской и не во внешнем благополучии заключается эта сила. Эта сила Духа Святого, дарования духовные – вера и залог тех светлых чистых, небесных радостей, которые даруются озарением света Божественного. Со страхом, верой и любовью приняв этот дар, возгревай его (2 Тим. 1, 6) неустанно, чтобы свет благодати, живущей отныне в тебе, через твое служение светил, просвещая и освящая всех людей Божиих.

Неожиданно для тебя совершилось это избрание, но мы знаем, что не от человеческой воли зависит жребий наш и никто сам собою не приемлет этой чести, но призываемый Богом, как и Аарон (Евр. 5, 4)…

Твори волю Божию, явленную тебе в Церкви, угождая не человекам, но Богу, испытующему сердца наши (1 Фес. 2, 4). Научай слову и делу евангельскому. А для того, чтобы слова не расходились с делом, будь образцом для верных в слове, в житии, в любви, в духе, в вере, в чистоте (1 Тим. 4, 12)…

По Промышлению Божию, ты находился под духовным окормлением Преосвященного архиепископа Ювеналия, который, как мне известно, был для тебя духовным отцом, ведя тебя по ступеням служения Церкви Божией. А ныне тем же Промыслом Господним ты призван разделить труды твоего архипастыря, имея особое попечение о духовном образовании будущих клириков епархии. Обязанности ректора Курской Духовной семинарии для тебя не есть новые в существе своем: много сил положил ты для образования в Курске сначала Духовного училища, а потом и семинарии. Вчера мы с удовлетворением отметили твое ведение обязанностей служителя богословской науки и духовного воспитателя юношества, будущих пастырей…

Непостижимыми судьбами Провидения Божия (Рим. 11, 33) тебе указуется именоваться епископом священного места, где подвизался некогда святитель Иоасаф Белгородский и где вновь почивают его святые мощи. Ты разделил с нами труды, чтобы после долгого вынужденного перерыва мощи святого предшественника твоего вернулись в Белгород и стали доступны для поклонения и молитвы пред ними. Архивные изыскания, опросы свидетелей, осуществленные тобой, способствовали явлению милости Божией – мощи святителя были обретены и в 1991 году торжественно возвращены в Белгород.

Призванный быть преемником великого святителя, с благоговением взирая на его подвиги, в его молитвенном ходатайстве перед Богом ищи себе помощи, утешения и укрепления.

Напутствуемый братским назиданием и добрыми пожеланиями, приступи к апостольским трудам твоим, взирая на начальника и совершителя веры Иисуса (Евр. 12, 2), Который да управит путь твой в мире».

28 сентября 1996 года было торжественное открытие Белгородской Православной Духовной семинарии (с миссионерской направленностью), которое возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Об этом тогда много писали и говорили. Но были такие моменты, которые остались вне поля зрения любопытных журналистов, а владыке – первому ректору (на этом посту он был с сентября 1996 года по октябрь 2015-го) – они памятны и дороги.

– Это событие произошло в актовом зале семинарии, который только-только был подготовлен. Он не только пах, но и пачкал краской. Это то, что касалось здания. Зато первые воспитанники наши уже не были «сырыми». Они прошли серьезную подготовку. Еще в 1995 году был открыт семинарский подготовительный класс в Белгороде. И в сентябре 1996 года мы открыли не один, а сразу два класса. Год подготовки – это был очень важный год. Семинарский дух… Он же накапливается, нарабатывается годами. И мы уже начинали не на пустом месте…».